1953年，研究生院人文社會研究科同新制東京大學同時創建。10年後，重新組織了社會學研究科。1995年，兩者合並改組成為現在的人文社會研究科。

研究科整體上本著理解人類思想、歷史、語言、社會之目的，實施教育和研究。以此培養具備高度素養和思考力、表現力，並能夠對人類文化發展做出貢獻的人材。為此要求學生能夠以獨特的視點對思想、歷史、語言、社會諸問題展開富於邏輯性的討論，並從各自的興趣出發，掌握高度的語言能力，進而從事經得起實證考驗的紮實研究。

研究科設有7個專業。各專業的課程又以研究領域進行了劃分。各門課程或者研究領域基本上同上述學部概況中所介紹的“研究室”相對應（僅文化資源學研究專業與韓國朝鮮文化研究專業為不含本科課程的獨立專業）。另外，各博士學位論文的日語要旨可通過博士論文數據資料閱覽。

該7門專業之概要如下。

  • 基礎文化研究專業: 語言學、考古學、美術史學、{東亞美術史學}、哲學、倫理學、宗教學宗教史學、美學藝術學、心理學

力求通過邏輯、實證的思考方法，從本源上理解人類的思考•認識•感情及語言•表現•文物•制度。


  • 日本文化研究專業: 日語日本文學、日本史學

綜合日本史學專業領域和日語日本文學專業領域，放眼世界，考究日本社會的歷史以及創造了歷史的人類的思想、感情、行為。


  • 亞洲文化研究專業: 中國語中國文學、東亞歷史社會、東亞思想文化、南亞•東南亞歷史社會、印度語印度文學•印度哲學•佛教學、西亞歷史社會、伊斯蘭學

理解亞洲各地區的思想•宗教、語言•文學、政治•經濟•社會的復雜面貌及歷史淵源，並掌握亞洲諸文化的傳播•交流•變遷。


  • 歐美文化研究專業: 西洋古典學、法語法國文學、南歐語南歐文學、英語英美文學、德語德國文學、斯拉夫語斯拉夫文學、現代文藝論、西洋史學

在歐美文化自古至今的形成與發展方面，橫貫語言•文學•歷史各個領域，培養精讀原文獻•資料的能力，造就參與多方面文化活動、社會發言的人材。


  • 社會文化研究專業: 社會學、社會心理學

以人類之間的相互作用生發而出的諸種現象為對象，通過調查、實驗、觀察、資料分析等方法進行求證，致力於從理論與實證兩方面發現並解決現代人類與社會的問題。


  • 文化資源學研究專業: 文化經營學、形態資料學、文書學、文獻學

使文化資料（文獻資料、歷史資料、美術資料、考古學資料、文化調查資料、文化統計資料等）在學問研究和文化活動方面起到作用，統合資料的發掘、考證與評價；整理與保存；公開與利用。


  • 韓國朝鮮文化研究專業: 韓國朝鮮歷史社會、韓國朝鮮語言思想、北東亞洲文化交流

從傳統與現在或歷時•共時的觀點出發，綜合利用歷史學•社會學•語言學•哲學•文化人類學的方法論，探究韓國朝鮮文化及其周邊區域的交流。