La Facultad de Letras de la Universidad de Tokio (1877-1886)
El 12 de abril de 1877, la Escuela de Tokio Kaisei se reorganizó para formar tres Facultades de Derecho, Ciencias y Letras y la Escuela de Medicina de Tokio se convirtió en la Facultad de Medicina. Así, la Universidad de Tokio, se estableció, uniendo estas dos instituciones de investigación y educación que se fundaron en el periodo de Edo. En aquel momento todavía se estaba librando la guerra civil.
Asi que en La Facultad de Letras en este punto había dos Divisiones. A la primera División pertenecían estudios de Historia, Filosofía y Política; a la segunda división la literatura en japonés y chino. Esto indica la intención de heredar y preservar los estudios tradicionales al mismo tiempo que se introducian nuevos estudios de Occidente. Este ideal de la fusión de los estudios de Oriente y Occidente también se puede ver en el plan de estudios que requeria a los estudiantes de la primera división tomar tres años de cursos de literatura japonesa y china; y que requería a los alumnos de la segunda división a tomar cursos de Literatura Inglesa por tres años. En esta época, Shoichi Sotoyama enseñó Psicología, Lingüística Inglés y Sociología, Masanao Nakamura enseñó literatura china y Ernest Fenollosa fue profesor de Filosofía, Estética y Política.
La Facultad de Letras de la Universidad Imperial (1886-1919)
El 2 de marzo de 1886, el gobierno bajo el liderazgo de Hirobumi Ito publicó la Orden Imperial para la Universidad Imperial y reorganizó la Universidad de Tokio en la Universidad Imperial. En este precepto se estableció que la Universidad Imperial iba a ser una institución dedicada a "la transmisión de los estudios y la investigación detallada de las tecnologías que satisfagan la necesidad del Estado". La Universidad de Tokio se colocó en la cima del sistema educativo bajo el nuevo sistema estatal como la única Universidad Imperial, reorganizando así a la antigua Universidad de Tokio, que cayó bajo la juridiscción del Ministerio de Educación, a la Facultad de Derecho, dependiente del Ministerio de Derecho, al Colegio de Ingeniería bajo la jurisdicción del Ministerio de Ingeniería, y a la Escuela de Tokio de Agricultura y Bosques que cayó bajo el Ministerio de Agricultura y Comercio.
La Facultad de Letras se convirtió en el Colegio de Letras, una de los cinco colegios, que fueron los de Derecho, Medicina, Ingeniería, Ciencias y Letras, y además de la primera (la Filosofía), segunda (Literatura Japonesa) y la tercera división (Literatura china) , una cuarta división, la de Lingüística, fue establecida. Después de esto, las divisiones de Historia, Literatura Inglés, Literatura Alemana y Literatura Francesa, se establecieron. En este período hubo muchos destacados profesores extranjeros como Chamberlain en Lingüística, Riess en Historia, Koeber en Filosofía y Estética, Lafcadio Hearn (Yakumo Koizumi) y Dickson en la literatura Inglés. Este protagonismo de profesores extranjeros refleja el ambiente de la época en que Japón estaba tratando de desarrollarse rápidamente como un nuevo "imperio", en todos los aspectos incluyendo los estudios académicos.
La Facultad de Letras de la Universidad Imperial de Tokio (1919-1949)
En abril de 1919, el gobierno bajo la dirección de Takashi Hara cambio el nombre de Colegio de Letras al de la Facultad de Letras, dentro de la cual se crearon 19 divisiones: la Literatura Japonesa, la Historia Japonesa, la Filosofía China, la Literatura China, Historia Oriental, la Historia Occidental, la Filosofía, la Filosofía India, Psicología, Ética, Ciencias de la Religión, Sociología, Educación, Estética e Historia del Arte, Lingüística, Literatura Hindú, Inglés Literatura, Literatura Alemana y Literatura Francesa.
Este período fue representativo de la nueva era Taisho, y puede ser visto como el punto en que los estudios en la Facultad de Letras alcanzaron su independencia y su madurez. Los profesores que apoyaron este próspero periodo fueron Masaharu Anezaki en Estudios Religiosos, Katsumi Kurosaka y Tsuji Zennosuke en Historia Japonesa, Ichimura Sanjiro y Shiratori Kurakichi en Historia Oriental, Mitsukuri Genpachi y Kengo Murakawa en la Historia Occidental, Yoshito Harada en Arqueología, Seiichi Taki en la Estética, Shinkichi Hashimoto en Lingüística Japonesa, Tsukuru Fujimura en Literatura Japonesa, Sanki Ichikawa y Takeshi Saito en Literatura Inglesa, Kinji Kimura en Literatura Alemana, Takashi Suzuki Tatsuno y Shintaro en Literatura Francesa y Tongo Takebe y Teizo Toda en Sociología.
Pero este periodo de paz no duró mucho tiempo, y la depresión y la guerra empezaron a tener una gran influencia sobre el progreso académico. La influencia del materialismo y la decadencia producida por la censura, y el surgimiento de tendencias nacionalistas, tuvieron un impacto profundo en los estudios en la Facultad de Letras. En abril de 1938, Wataru Hiraizumi de la Oficina de la Historia Japonesa comenzó sus conferencias sobre la historia del pensamiento japonés. Por otro lado, numerosos profesores continuaron sus estudios liberales, tales como Tetsujiro Inoue y Kuwaki Genyoku en Filosofía, Tetsujiro Watsuji en Ética, Yoshinori Onishi en Estética y Toshiki Imai en la Historia Occidental.
A medida que la guerra evolucionaba de ser un conflicto entre Japón y China a la Guerra del Pacífico, la prórroga concedida a los estudiantes universitarios por la Ley de Conscripción fue abolida, y en octubre de 1943 la prórroga concedida a los estudiantes de humanidades se detuvo también. De acuerdo con “Movilizaciones y Despachos al Frente de Batalla de la Universidad de Tokio,” compilado por la Oficina de Registro de la Historia de la Universidad de Tokio, 269 estudiantes murieron en servicio. El porcentaje de estudiantes que ingresaron a la Facultad es la cuarta después de las Facultades de Medicina, Derecho y Economía.
La era de la Facultad de Letras de la Universidad de Tokio bajo el nuevo sistema (1949 hasta el presente)
Los edificios del campus de Hongo no sufrieron daños graves, incluso habiendo sufriendo el bombardeo de Tokio en marzo de 1945. Después de la derrota de Japón, la Facultad volvió a la vida con los estudiantes que regresaron de la guerra que se graduaban con carácter provisional, los estudiantes cuyos estudios universitarios fueron acortados, y los que se habían unido al ejército bajo licencia de la universidad. En 1947 la Ley de Educación de Escuelas se emitió y la universidad después de la guerra fue abierta a todo aquel que hubiera terminado la educación secundaria. Después de una serie de reformas en educación, la Universidad de Tokio de la post-guerra fue creada en 1949 y ha continuado hasta nuestros días.