Die Universität Tokyo begann im Jahre 1877 mit vier Fakultäten: der Philosophischen, der Juristischen, der Naturwissenschaftlichen und der Medizinischen Fakultät. Damals bestand die Philosophische Fakultät aus der historisch-philosophisch-politischen und der philologischen Abteilung; letztere war der japanischen und chinesischen Literatur gewidmet. Die Politikwissenschaft wurde bald darauf der Juristischen Fakultät eingegliedert, so dass sich die Philosophische Fakultät auf das Studium der Geschichte, Philosophie und Literatur konzentrierte. Ihr vorrangiger Gegenstand ist die menschliche Sprache und die sprachliche Verfasstheit der menschlichen Kultur. Die Philosophische Fakultät bietet vor allem anderen den Ort, an dem die Bedingungen des Menschseins reflektiert werden.
Seit über 130 Jahren haben sich Forschung und Lehre der Philosophischen Fakultät erweitert und auf Fächer ausgedehnt, die auch außersprachliche Dimensionen der menschlichen Kultur wie in der Archäologie, Kunstgeschichte, Musik, Psychologie und Soziologie behandeln. Inzwischen gibt es insgesamt 27 Fächer.
Die Fächer, oft auch Seminare genannt, stellen die grundlegenden Einheiten der Fakultät dar. Ihre Forschungsbereiche, Traditionen und Fachkulturen sind vielfältig; ihre Eigenständigkeit wird geschätzt und möglichst bewahrt. Ein Seminar besteht aus Lehrenden (i.d.R. Professoren, Associate- und Assistenzprofessoren, Assistenten, Lektoren) und Studierenden (im Bachelor-, Master- und Promotionsstudiengang).
Die 27 Fächer verteilen sich auf vier Fächergruppen: Philosophie und Religion; Geschichte; Sprache und Kultur sowie Psychologie und Soziologie. Im Überblick stellen sie sich wie folgt dar:
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Philosophie und Religion: Allgemeine Philosophie, Chinesische Philosophie, Indische Philosophie und Buddhismusforschung, Islamwissenschaft, Religionswissenschaft, Ethik, Ästhetik
Die Fächergruppe Philosophie und Religion untersucht insbesondere die Denktraditionen des Westens, Chinas, Indiens, Japans und des Islam.
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Geschichte: Japanische Geschichte, Östliche Geschichte, Westliche Geschichte, Archäologie, Kunstgeschichte
Die Fächergruppe Geschichte zielt auf das Verständnis historischer Quellen aus aller Welt: – Schriftzeugnisse, archäologische Befunde, Werke der Bildenden Kunst. In dieser Fächergruppe geht es ebenso um eine fortgeschrittene Analyse historischer Verhaltensmuster.
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Sprache und Kultur: Sprachwissenschaft, Japanische Sprache und Literatur, Chinesische Sprache und Literatur, Indische Sprache und Literatur, Griechische und Lateinische Sprache und Literatur, Englische Sprache und Literatur, Deutsche Sprache und Literatur, Französische Sprache und Literatur, Slawische Sprache und Literatur, Südeuropäische Sprache und Literatur, Gegenwartsliteraturforschung
Die Fächergruppe Sprache und Kultur beschäftigt sich mit der wissenschaftlichen Untersuchung der Sprache sowie mit der Interpretation literarischer Texte, die Einsichten in das kulturelle Erbe vermitteln.
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Psychologie und Soziologie: Psychologie, Sozialpsychologie und Soziologie
Die Fächergruppe Psychologie und Soziologie unternimmt es, individuelle und soziale Phänomene mit Methoden wie Experiment, Beobachtung und Quellenanalyse zu beleuchten und ihnen theoretisch angeleitet auf den Grund zu gehen.